Shelter opowiada historię Rin, 17-letniej dziewczyny, która żyje w futurystycznej symulacji całkowicie sama, w nieskończonej, pięknej samotności. Każdego dnia Rin budzi się w tej rzeczywistości i używa tabletu, który kontroluje symulację, aby stworzyć dla siebie nowy, inny, piękny świat. Aż pewnego dnia wszystko się zmienia, a Rin poznaje prawdziwe pochodzenie swojego życia w symulacji.